病毒或細菌株變異
如果病毒或者細菌株發生了變異，那麼疫苗接種也會失敗。病毒的變異也是在疫苗制備中要注意的問題，病毒變異的原因很復雜，可能是病毒自身基因造成的，也可能是外界環境的刺激，比如一些化學或物理因素，引起病毒基因突變，同時一些藥物如抗生素的濫用也會造成病毒耐藥性的改變，使免疫效果降低。
母源抗體問題
通過胎盤、初乳從母體所獲得的抗體稱為母源抗體。由于母源抗體的存在，幼小貓咪對某些疾病具有較強的抵抗力。何時開始接種疫苗與母源抗體的水平有關。母源抗體在體內循環的時間在不同個體內、不同的抗體是不同的。每個個體都有一個易感期，時間長短不一，從幾天到幾周，這期間母源抗體的水平高到不能使疫苗發揮作用，卻又低到不足與抵抗傳染病。這期間即使接種了疫苗，仍然會得傳染病。不同窩甚至同窩不同個體之間的易感期也都不一樣。所以年齡小的貓咪要考慮母源抗體的干擾，應按疫苗說明書接種。一般貓十二周齡時，體內母源抗體已降到了非干擾水平，多數傳染性疾病最后一次接種應在十二周齡或稍后，才能使貓咪具有保護力。
免疫使用的器具
在接種時免疫使用的器具也要注意，針頭，、射器要先消毒，未消毒的注射器、針頭和滴管會使疫苗性能下降。在疫苗稀釋時，未消毒或受污染的稀釋液會造成疫苗不純。同時制備時用水要用蒸餾水，使用含氯自來水稀釋疫苗會使疫苗免疫活性下降，出現免疫失敗。
疫苗使用不當
接種途徑沒有按疫苗的要求進行，比如在接種途徑上有些藥皮下注射，有些則要肌肉注射或滴鼻等，還有一定要按劑量注射。
